Ngày 30/11/1985, Học viện thành lập Ban đào tạo bồi dưỡng sau đại học và hợp tác khoa học trực thuộc Phòng Nghiên cứu. Ban có chức năng: tổ chức, đề xuất, xây dựng kế hoạch đào tạo bồi dưỡng SĐH; thực hiện thi tuyển, chỉ đạo công tác đào tạo NCS… Bổ nhiệm đồng chí Nguyễn Duy Bảo – Trưởng ban, đồng chí Lê Văn Long – Trợ lý.
Ngày 4/10/1990, Viện trưởng HVKTQS ký QĐ số 1483/HV về việc thành lập Trung tâm Đào tạo – Bồi dưỡng sau đại học trực thuộc Học viện. Nhiệm vụ chủ yếu của Trung tâm là tổ chức, quản lý quá trình đào tạo nghiên cứu sinh, đào tạo cao học, thực tập sinh sau đại học và bồi dưỡng giáo viên, phối hợp, liên kết với các cơ quan trong và ngoài Học viện làm tốt công tác bảo đảm và ngày càng nâng cao chất lượng đào tạo…
Ngày 20/4/1993, Viện trưởng Học viện kỹ thuật quân sự đã ký Quyết định số 366/QĐ-HV về việc thành lập 2 ban: Ban Kế hoạch đào tạo và Ban Quản lý đào tạo, trực thuộc Trung tâm Đào tạo – Bồi dưỡng sau đại học. Ban Kế hoạch đào tạo có nhiệm vụ: Xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch đào tạo bồi dưỡng sau đại học bao gồm nghiên cứu sinh, cao học và các hình thức bồi dưỡng sau đại học khác (theo kế hoạch của Học viện). Ban Quản lý đào tạo có nhiệm vụ: Quản lý nội dung, chương trình, phương pháp, quy chế và cơ sở vật chất phục vụ đào tạo. Trước mắt còn trực tiếp quản lý học viên học tập tại Trung tâm.
Ngày 2/8/1994, Tổng Tham mưu trưởng QĐNDVN ra QĐ số 473/QĐ-TM chính thức thành lập Trung tâm đào tạo sau đại học thuộc HVKTQS. Trung tâm có nhiệm vụ: xây dựng kế hoạch, chương trình, nội dung đào tạo sau đại học, theo dõi kiểm tra đôn đốc thực hiện; Quản lý về nội dung, chương trình, quy chế đào tạo, số lượng, chất lượng nghiên cứu sinh, cao học; quan hệ với các cơ quan trong và ngoài quân đội để thực hiện công tác nghiệp vụ về đào tạo sau đại học.
Thực hiện Quyết định số 184/QĐ-TM ngày 10/4/2001 của Tổng Tham mưu trưởng về việc tổ chức phòng, ban sau đại học cho các cơ sở đào tạo sau đại học trong Quân đội, ngày 22/5/2001, Giám đốc Học viện đã ký Quyết định số 823/QĐ-HV về việc thành lập Phòng Sau đại học trực thuộc Học viện KTQS trên cơ sở Trung tâm đào tạo sau đại học. Chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của Phòng sau đại học giữ nguyên như trước.
Ngày 10 tháng 8 năm 2004 Giám đốc Học viện Kỹ thuật quân sự đã ký quyết định số 2040/QĐ-HV thành lập Ban Quản lý nghiên cứu sinh trực thuộc Phòng Sau đại học.